Le conseil méthodologique s'exerce à travers :

• la publication d'ouvrages : guides méthodologiques, actes de séminaires, Baromètre sur la santé des jeunes, rubrique santé en milieu scolaire de la revue La Santé de l'homme, revue Textes et documents pour la classe quand le sujet traité concerne la santé, etc.
• le soutien technique de proximité aux enseignants et aux équipes de santé scolaire se traduit par une aide à la conception, la mise en œuvre et l'évaluation de projets.